在認證審核時，會對組織身份的合法性進行檢查，即證照檢查，包括營業(yè)執(zhí)照、生產(chǎn)許可證等。

主要檢查是否有，是否在有效期內(nèi)、是否進行了年檢、體系認證覆蓋產(chǎn)品范圍是否在證照限定范圍內(nèi)。

目前國家要求實行生產(chǎn)許可證管理的共32個大類的食品，在審核時，首先會確認體系覆蓋產(chǎn)品是否在32個大類

關于執(zhí)行標準主要關注兩個地方，一是否有標準，二標準是否有效。

食品行業(yè)組織應執(zhí)行的國家強制性標準主要包括以下幾類：

（1）產(chǎn)品標準類

（2）與產(chǎn)品直接接觸的包裝物標準

（3）標簽標準

（4）工廠衛(wèi)生規(guī)范等

對執(zhí)行企標的企業(yè)建議盡量做到以下幾點：

原料的管控主要關注原料采購有無標準、進貨檢驗/驗證的符合性等，是否有無非食品級原料的使用，以及偷梁換柱的情況。

輔料應特別關注的是食品添加劑和食品營養(yǎng)強化劑的使用是否合法，即有無超范圍、超量使用的情況。食品添加劑、食品營養(yǎng)強化劑、食品生產(chǎn)用水的使用應分別符合GB2760、GB14880和 GB5749的規(guī)定。

檢驗指標應至少覆蓋適用的產(chǎn)品質(zhì)量標準和衛(wèi)生標準；除企業(yè)自檢報告外，還會關注到政府主管部門的抽檢報告。