通過分析HACCP與ISO 9000質量管理體系兩者的差異主要如下：

1、關注點不同
ISO9001:2008標準是一個管理體系標準，它通過建立方針和目標并實現這些目標來達到對質量的指揮和控制，他關注的是使　與質量目標有關的實現結果適當地滿足相關方的需求、期望和要求。而HACCP所關注的不是總體方針目標的制定和實現，而是通過進行危害分析、確定關鍵控制點、制定糾偏措施，以防止食品安全危害。這是兩個不同層次的系統(tǒng)，其建立的思路、使用范圍和評價要求均不同。

2、對控制的范圍要求不同
ISO9001:2008與HACCP都要求對過程進行分析和識別和控制，但ISO9001:2008是要求企業(yè)對全部的質量體系過程進行識別，它包括質量管理體系、管理職責、資源管理、產品實現及測量、分析和改進五個大的要素，其中既控制過程質量，又控制產品質量，最終達到顧客滿意。而HACCP只要求企業(yè)對影響安全衛(wèi)生的危害進行分析，對確定的關鍵控制點進行監(jiān)控，通過７個方面的控制，達到預防、消除或降低危害。

3、對文件化的要求和證實程度不同
ISO 9000與HACCP都需要建立程序，ISO9000是要求企業(yè)建立文件化的質量管理體系，其中有6個要素要求企業(yè)建立并執(zhí)行文件化的程序并對文件的控制有著嚴格的要求。而HACCP僅要求企業(yè)建立記錄保存程序和驗證程序。ISO9001:2008要求企業(yè)提供符合要求和質量管理體系有效運行的證據，而HACCP僅要求對分析、控制和驗證過程加以證實。

4、對質量策劃的文件化要求不同
ISO9001:2008強調企業(yè)進行質量策劃，并要求制定為確保其有效策劃所需的文件，為確保對過程的有效運行和控制，我們通常將質量策劃的結果以適當形式形成文件，形成的文件可以是文件化的程序，也可以是質量計劃，它強調的是質量策劃的結果。而HACCP要求企業(yè)進行危害分析、確定關鍵控制點及關鍵限值、制定糾偏措施，要求對分析的過程形成文件，強調的是策劃的過程。